E' quell’atteggiamento pratico che, pur respingendo in linea di principio un modo di pensare o di agire considerato erroneo, lo lascia sussistere o per un motivo di rispetto verso la coscienza e la libertà altrui o per convenienza pratica o di minor male. I suoi campi di applicazione sono molteplici, ma è nell’ambito della religione che il problema della tolleranza è sorto e ha avuto la sua più larga applicazione.
Sia nel piano teorico che in quello pratico, il principio della tolleranza in materia religiosa è una delle grandi conquiste della modernità. S. Tommaso visse in un’epoca decisamente intollerante: era il tempo in cui Pontefici bandivano le crociate per cacciare i mussulmani dalla Terra Santa o per estirpare le eresie dei catari e degli albigesi. Tuttavia, grazie a quella straordinaria saggezza di cui era dotato, il Dottore Angelico sui problema della tolleranza formulò princìpi che ci sorprendono per la loro modernità.
Alla questione della tolleranza egli dedica due preziosi articoli della Secunda Secundae (q. 10): uno riguarda la tolleranza del culto degli infedeli; l’altro concerne il battesimo di bambini ebrei o di altra religione non cristiana contro la volontà dei genitori.
A quei teologi che sostengono che non è lecito tollerare i vari culti degli infedeli, perché il loro peccato è tra i più gravi, e altri peccati come l’adulterio, il furto e simili non sono tollerati, bensì puniti dalle leggi, S. Tommaso replica efficacemente nel modo seguente: "Il governo dell’uomo deriva da quello di Dio, e deve imitarlo. Ora, Dio, sebbene sia onnipotente e buono al sommo, permette tuttavia che avvengano nell’universo alcuni mali che egli potrebbe impedire, per non eliminare con la loro soppressione beni maggiori, oppure per impedire mali peggiori. Parimenti, anche nel governo umano, chi comanda tollera giustamente certi mali, per non impedire dei beni, o anche per non andare incontro a mali peggiori (...). Perciò, sebbene gli infedeli pecchino coi loro riti, essi si possono tollerare, o per il bene che ne può derivare o per un male che così è possibile evitare (...); per es., per evitare scandali o discordie che ne potrebbero derivare, oppure per togliere un ostacolo alla salvezza di coloro che con questa tolleranza potranno convertirsi alla fede. Ecco perché talora la Chiesa ha tollerato i culti degli eretici e dei pagani, quando era grande la moltitudine degli infedeli"(II-II, q. 10, a. 11).
S. Tommaso giudica azione illecita e riprovevole l’amministrazione del Battesimo, contro la volontà dei loro genitori non cristiani, a quei figli che non hanno ancora raggiunto l’uso della ragione. E questo per tre ragioni:
1) perché è contraria alla consuetudine della Chiesa, e la consuetudine della Chiesa, secondo l’Angelico, "ha la massima autorità";
2) perché c’è il pericolo che raggiunto l’uso di ragione, quel bambini "siano indotti dai loro genitori ad abbandonare quanto avevano ricevuto a loro insaputa";
3) perché "secondo il diritto naturale il figlio è sotto la cura del padre, prima dell’uso della ragione. Sarebbe quindi contro la giustizia naturale sottrarre allora il bambino alle cure dei genitori, o disporre di lui contro la loro volontà. Invece quando comincia ad avere l’uso del libero arbitrio, comincia ad appartenere a sé stesso, e può decidere di sé stesso nelle cose di diritto divino e di diritto naturale. E allora si deve disporlo alla fede, non con la forza, ma con la persuasione. E così può accettare la fede e farsi battezzare, anche contro la volontà dei genitori. Ma non prima dell’uso di ragione"(II-II, q. 10, a. 12).