La tradizione popolare narra che la sacra immagine fu trovata da un pastore sordomuto mentre cercava una mucca dispersa nei boschi del monte Civita. Tra i rami di una pianta di "leccio, la mucca in ginocchio e il pastore che ritrova l'uso dell'udito e della parola", è così che inizia la storia e la devozione civitana. In realtà le sue origini e come sia  giunta sino a Itri, in un luogo così impervio, rimane un mistero. Si può ritenere verosimile che i monaci basiliani approdati a Gaeta transitando per questi luoghi abbiano lasciato il quadro, di fattura squisitamente orientale, ai monaci del monastero di Figline. Con certezza storica, vi è  riferimento ad una chiesetta della  Madonna della Civita, risalente al 1147 in un atto di donazione fatto da un notaio di Itri e da sua moglie, risalente a tale anno. Il documento riporta il nome dell'abate del monastero, tale Riccardo e del custode della chiesetta, un certo fra Bartolomeo. Il santuario attuale ha un impianto a tre navate, ampia quella centrale, piuttosto strette le due laterali. L'altare maggiore, al centro della navata principale, risulta  particolarmente  interessante in quanto composto da marmi ed intarsi di scuola  napoletana settecentesca, opera del maestro Filippo Pecorella. Le decorazioni della volta  raffigurano alcuni degli avvenimenti che caratterizzarono la nascita del Santuario e gli avvenimenti che seguirono e sono stati eseguiti nel 1919 da S. Cozzolino di Napoli. Successivamente sono stati ritoccati dal Prof. A. Rollo di Bari, scultore a cui si deve la Madonna posta in cima alla chiesa. Il quadro della Madonna della Civita  è posto al centro dell'altare maggiore protetto da una lastra di cristallo. Degli antichi tratti ben poco è rimasto nel corso dei secoli; il quadro è stato sottoposto a restauro più volte, l'ultimo dei quali è stato effettuato dal Prof. Edelwais Frezzan nel 1953.