Nel pomeriggio del 24 giugno 1508 si scatenò un violento uragano: il cielo era coperto da dense e basse nubi, tuoni fragorosi, lampi accecanti, pioggia a diluvio, ruggito pauroso del mare in tempesta. Il panico si era diffuso ovunque. Si pregava nelle case, si lanciavano grida disperate da parte dei pescatori sorpresi in mare dal fortunale. Solo verso sera l'uragano si placava e un vecchio guardiano di viti, un certo Carlo Baldissera Zalon, uscì dal suo capanno osservando, tutto mortificato e sconsolato, lo scempio prodotto dal tremendo temporale. Improvvisamente si sentì chiamare da una voce proveniente dal lido; si voltò e vide una maestosa Signora, vestita di un manto nero che sedeva sopra un tronco d'albero sospinto sulla spiaggia dalle onde. La Signora, che si rivelò essere la Madre di Dio, gli disse che era profondamente amareggiata per la vita sregolata condotta dal popolo di Chioggia, in particolare per le profanazioni del giorno festivo, il vizio della bestemmia e la pratica di una vita immorale. L'uragano, con le sue rovine, non era che un preavviso di un cataclisma peggiore, se la città non si fosse convertita a avesse fatto penitenza! Poi gli disse di informare il Vescovo dell'apparizione e ingiungergli, a nome suo, di indire una crociata di preghiere e di penitenze per scongiurare mali peggiori. Prima di scomparire su una navicella ferma poco distante dalla spiaggia, la Vergine si mostrò ancora con il Figlio come lo aveva ricevuto sulle ginocchia dopo la deposizione dalla Croce, col corpo straziato, pieno di piaghe e sangue e gli disse: "Così lo hanno ridotto i peccati dei tuoi concittadini". Sul luogo venne subito edificata una piccola cappella in legno e, in seguito, una chiesa più grande, consacrata nel 1585. Nel periodo Napoleonico il santuario andò distrutto. In epoca moderna venne emesso il voto che si sarebbe costruito un nuovo santuario se la Madonna avesse salvato la città dalle devastazioni della guerra. Nel 1952 infatti venne posta la prima pietra del nuovo edificio e nel giugno dello stesso anno la chiesa venne consacrata alla "Beata Maria Vergine della Navicella". Al suo interno alla base della nicchia dell’altare maggiore si trova una suggestiva rappresentazione in mosaico che fa riferimento all’apparizione e in una teca metallica è conservato lo “zocco”, il tronco di legno su cui è apparsa le Vergine.